Bối cảnh là tàu Aphrodite, con tàu chở khách hoa lệ, do công ti đóng tàu khách Yashiro chế tạo. Nhận được lời mời của Sonoko, Conan cùng mọi người bắt đầu chuyến viễn dương. Trên tàu, họ đã gặp nhà viết kịch Kusaka Hironari và chuyên viên thiết kế tàu biển Akiyoshi Minako, hai vị khách mới quen, đặc biệt là Kusaka tỏ ra có nhiều hành động mờ ám. Sau đó đã xảy ra án mạng. Nạn nhân là bà giám đốc Takae và chủ tịch Yashiro. Sonoko cũng bị tấn công… Cảnh sát bắt đầu vào cuộc điều tra. Đầu mối đầu tiên là Kusaka, khi anh ta bị nghi ngờ liên quan tới vụ mất chìa khóa!! Nhưng rõ ràng hắn có chứng có ngoại phạm từ lời khai của Minako??